Un ex especialista en inteligencia estadounidense fue condenado a la pena más larga por la divulgación no autorizada de información gubernamental a los medios de comunicación sobre la interferencia rusa en las elecciones de Estados Unidos de 2016 a través de una operación de correo electrónico.

El agente Ethan Hunt, acusado de un atentado terrorista con bombas contra el Kremlin, es desautorizado junto con toda la organización, al poner en marcha el Presidente el “Protocolo Fantasma”. Abandonado a su suerte y sin recursos, el objetivo de Ethan es rehabilitar el buen nombre de su agencia e impedir un nuevo ataque. Pero Ethan emprende esta misión con un equipo formado por fugitivos, cuyos motivos personales no conoce bien.

La lealtad de Evelyn Salt una agente de la CIA, es puesta a prueba cuando un desertor la acusa de ser una espía rusa. Entonces, se ve obligada a huir y a servirse de todos sus conocimientos y experiencia para evitar que la capturen. Sus esfuerzos para demostrar su inocencia son inútiles. Mientras tanto, continúa la caza para descubrir su verdadera identidad.

Agente de la CIA y veterano de guerra de los Marines de Estados Unidos, James Silva, lidera un equipo de la División de Actividades Especiales llamado Overwatch para asaltar una casa segura del Servicio Federal de Seguridad de Rusia en Estados Unidos. Bajo la supervisión remota de James Bishop y su equipo, la misión es localizar y destruir envíos de cesio antes de que la sustancia altamente radiactiva pueda ser utilizada como arma. En el tiroteo resultante, la mayoría de los rusos y el agente de Overwatch, Greg Vickers, son asesinados, pero se destruye información crucial sobre el cesio. Silva ejecuta al último sobreviviente, un adolescente que le advierte que está cometiendo un error.